1992’de İTÜ Sakarya Mühendislik Fakültesi Metalurji Mühendisliği Bölümü’nden mezun oldu. İTÜ Fen Bilimleri Enstitüsü’nden 1996 yılında Yüksek Lisans, 2003’de Doktora derecesi aldı. 2005 yılında Doktora Sonrası Araştırmacı olarak bulunduğu Teksas Teknik Üniversitesi Makine Mühendisliği Bölümü’nde kalıntı gerilme analizi konusunda çalıştı. 2010 yılında Doçent ünvanını alan Murat Baydoğan, 2017 yılında İTÜ Rektörlüğü tarafından Profesörlüğe atanmıştır. 1994-1997 yılları arasında İstanbul Üniversitesi Metalurji Mühendisliği Bölümü’nde, 1997 yılından bu yana İTÜ Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Bölümü’nde görev yapan Murat BAYDOĞAN’ın mühendislik malzemelerinin yorulma, aşınma ve korozyon özellikleri ile hafif metallerin mikro ark oksidasyonu konularında 47 uluslararası makale ile 83 ulusal ve uluslararası bildiri olmak üzere 130 yayını bulunmaktadır.